Das Statistische Bundesamt ist eine Bundesoberbehörde, die zum Geschäftsbereich des Bundesministeriums des Innern und für Heimat (BMI) gehört. Das BMI übt die Dienstaufsicht aus. Somit können wichtige organisatorische, personelle und finanzielle Fragen im Statistischen Bundesamt nur mit Zustimmung des BMI entschieden werden. Die Fachaufsicht liegt bei den für die jeweiligen Statistiken zuständigen Bundesministerien. Sie stellen sicher, dass ihre Statistiken entsprechend der rechtlichen Vorgaben durchgeführt werden. Bei der methodischen und technischen Vorbereitung sowie bei der Durchführung von Statistiken ist das Statistische Bundesamt unabhängig. Das Statistische Bundesamt bildet gemeinsam mit den Statistischen Ämtern der Länder den Verbund. Neben dem statistischen Verbund erstellen auch die Other National Authorities (ONAs) Statistiken für das Europäische Statistische System (ESS).
Gemeinsam mit der Amtsleitung bilden folgende Abteilungsleiterinnen und Abteilungsleiter die oberste Führungsebene des Statistischen Bundesamtes.