Die der Flächenerhebung entstammende Fläche für Landwirtschaft und die aus der Bodennutzungshaupterhebung ermittelte landwirtschaftlich genutzte Fläche sind nicht identisch. Bei der Flächenerhebung werden bestehende Register der Länder sekundärstatistisch ausgewertet. Es handelt sich um eine jährliche Vollerhebung. Dagegen basiert die ebenfalls jährliche Bodennutzungshaupterhebung auf einer Befragung landwirtschaftlicher Betriebe und der Auswertung von Verwaltungsdaten (hier aus dem Integrierten Verwaltungs- und Kontrollsystem).
Die beiden Erhebungen haben jeweils andere Zielsetzungen, die ihre Unterschiede verständlich machen. Die Flächenerhebung differenziert flächendeckend die Bodennutzung in ganz Deutschland nach Siedlung, Verkehr, Vegetation und Gewässer, ohne dabei einen Schwerpunkt zu setzen. Dagegen geht es bei der Bodennutzungshaupterhebung in erster Linie um die Differenzierung der landwirtschaftlich genutzten Flächen nach Hauptnutzungsarten und Nutzungszweck, Kulturarten, Pflanzengruppen, Pflanzenarten und Kulturformen. Hier stehen also die sich ändernden Anbaustrukturen der Betriebe im Mittelpunkt. Die Anbauflächen der Kulturen bilden auch die Grundlage für die jährliche Ernteschätzung.
Daraus ergibt sich unmittelbar ein weiterer Unterschied. Die Flächenerhebung weist die Bodennutzung in der jeweils betrachteten administrativen Gebietseinheit nach dem sogenannten Belegenheitsprinzip aus, wohingegen bei der Bodennutzungshaupterhebung die Flächen unabhängig von ihrer administrativen Zuordnung einem Betriebssitz zugeordnet werden. Es ist also nicht erkennbar, ob die von einem Betrieb angegebenen Flächen in der Gemeinde mit Sitz des Betriebes oder einer anderen Gemeinde bewirtschaftet werden.
Hinzu kommen weitere methodische Unterschiede: Bei der Abgrenzung der Grundgesamtheit unterscheiden sich beide Erhebungen. Während in der Flächenstatistik keine Erfassungsgrenzen existieren, da im Prinzip jeder Fläche eine Nutzungsart zugeordnet wird, werden bei der Bodennutzungshaupterhebung Betriebe unterhalb der im § 91 Agrarstatistikgesetz festgelegten Erfassungsgrenzen nicht in die Erhebung einbezogen.